Trong những năm đầu mới thành lập, các sĩ quan hải quân người Việt chỉ mới tốt nghiệp từ quân trường. Vì cấp bậc còn quá thấp, họ không đủ thâm niên để nắm giữ bất cứ một chức vụ quan trọng nào. Ngay cả chức vụ Trưởng ban Hải quân kiêm Phụ tá Hải quân Việt Nam cạnh Tổng tham mưu trưởng Quân đội Quốc gia, đáng lẽ phải là sĩ quan Hải quân Việt Nam, cũng do giới chức người Pháp nắm giữ. Tính đến năm 1955, nếu không kể đến Hạm đội Pháp tại Viễn Đông, Đại tá Récher là sĩ quan Hải quân cao cấp nhất của Hải quân Pháp tại Việt Nam. Vì thế, ông đảm nhiệm cả hai chức vụ Phụ tá Hải quân cho Tổng tham mưu trưởng Quân đội Quốc gia và quyền Chỉ huy trưởng Hải quân Quốc gia Việt Nam.

Cho đến cuối năm 1954, khi Hải quân Pháp bắt đầu chuyển giao quyền chỉ huy các đơn vị thủy quân cho Việt Nam, quân số Hải quân Việt Nam vẫn còn rất ít. Về cấp sĩ quan, cấp cao nhất chỉ có một Đại úy Lê Quang Mỹ, tất cả sĩ quan các khóa 1, 2, 3 là Trung úy, khóa 4 và 5 là Thiếu úy. Ngoài ra, còn thêm các sĩ quan Hải quân đầu tiên tốt nghiệp Trường Hải quân Brest (École Navale de Brest) hồi hương khoảng cuối mùa hè 1955.

Do nhu cầu điều động thủy quân trong các cuộc hành quân, ngày 1 tháng 7 năm 1955, Thủ tướng Ngô Đình Diệm bổ nhiệm Thiếu tướng Trần Văn Đôn, Phụ tá Tổng tham mưu trưởng Quân đội Quốc gia, kiêm nhiệm chức vụ Trưởng ban Hải quân thay thế Đại tá Récher. Tuy nhiên, việc chuyển quyền chỉ có tính cách chính trị vì toàn bộ sĩ quan của Ban Hải quân dưới quyền tướng Đôn đều là các sĩ quan Hải quân Pháp. Cũng vì lý do này mà Chiến dịch Hoàng Diệu đáng lẽ được tiến hành từ tháng 7 năm 1955, nhưng mãi tới ngày 21 tháng 9 năm 1955 mới khởi sự được.

Khi đó chỉ mới có Hải đoàn Xung phong số 21 được đặt dưới sự điều động của Bộ Tổng Tham mưu Quân đội Quốc gia, do Thiếu tá Lê Quang Mỹ làm Hải đoàn trưởng. Các Hải đoàn khác tuy đã do sĩ quan Việt Nam làm Chỉ huy trưởng, nhưng về hệ thống vẫn còn trực thuộc Bộ Chỉ huy Giang lực (COFFLUSIC) của Pháp. Vì vậy, trong thời gian diễn ra chiến dịch, các Hải đoàn Việt Nam tham chiến được đặt dưới quyền chỉ huy tạm thời của Thiếu tá Lê Quang Mỹ. Vào ngày 20 tháng 8 năm 1955, bằng một nghị định chính thức, Thủ tướng Ngô Đình Diệm bổ nhiệm Thiếu tá Lê Quang Mỹ vào chức vụ Trưởng ban Hải quân, Phụ tá Hải quân cạnh Tổng tham mưu trưởng Quân đội Quốc gia, thay tướng Đôn để chỉ huy Hải quân và đoàn Bộ binh Hải quân (Thủy quân Lục chiến). Vì lẽ này, ông được xem là Chỉ huy trưởng đầu tiên của Hải quân Việt Nam Cộng hòa.

Qua thời gian dài trưởng thành từ tổ chức, xây dựng, chiến đấu. Tính đến năm 1975 Quân chủng Hải quân Việt Nam đã lớn mạnh với các tổ chức:
-1 Bộ Tư lệnh Hải quân
-5 Vùng Duyên hải (Hải khu)
-2 Vùng Sông ngòi
-Hạm đội với nhiều chiến hạm đủ loại
-Các Lực lượng: Đặc nhiệm, Duyên phòng, Duyên đoàn, Liên đoàn, Tuần giang, Giang đoàn Xung phong.
-3 Trung tâm Huấn luyện Hải quân tại Nha Trang, Cam Ranh và Sài Gòn
-Hải quân Công xưởng (Sài Gòn)
-Quân số: Khoảng 40.000 người gồm sĩ quan, hạ sĩ quan và thủy thủ (trong đó có 12 tướng lãnh)